Stworzona na bazie Panigale V2 wersja "Bayliss 1st Championship 20th Anniversary" charakteryzuje się specjalnym designem. Szata graficzna motocykla inspirowana jest modelem 996 R, który w sezonie 2001 poprowadził Baylissa do zdobycia jego pierwszego tytułu mistrza świata. Czerwień Ducati jest sercem kolorystyki motocykla. Łączy się ona z zielonymi i białymi akcentami w hołdzie dla włoskiego pochodzenia producenta z Bolonii. Legendarny numer wyścigowy Troya Baylissa #21 oraz logo Shell po bokach i z przodu wizualnie wzmacniają związek z charakterem wyścigowym. Autograf Troya jest odwzorowany na zbiorniku paliwa, a na potrójnym zacisku aluminiowym umieszczono nazwę motocykla i numerację tego wyjątkowego modelu.
W porównaniu z wersją standardową, Panigale V2 Bayliss 1st Championship 20th Anniversary jest o 3 kg lżejszy, dzięki zastosowaniu akumulatora litowo-jonowego i wybraniu konfiguracji pojedynczego siedzenia, która wyraźnie nawiązuje do wyglądu motocykla wyścigowego.
Wyposażenie uzupełniają sportowe manetki, osłona tłumika z włókna węglowego i tytanu oraz siedzenie kierowcy wykonane poprzez połączenie dwóch różnych materiałów technicznych z podwójnymi, czerwonymi szwami. Na siedzisku wyhaftowany jest numer 21 Troya, który wraz z zielonymi i czerwonymi pasami tworzy włoską flagę. Motocykl jest również wyposażony w specjalny system hamulcowy oraz inne, unikalne elementy techniczne.